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NPSE(Nucleotide pair spectrum encoding)

热度:24   发布时间:2023-11-24 12:22:29.0

NPSE

NPSE 策略计算窗口内所有可能的 k 间隔核苷酸对的出现次数。

特征表示:
fkNPSE={{AT}0,{AA}0,...,{AA}k,...,{CC}k}f^{NPSE}_k=\{\{AT\}_0,\{AA\}_0,...,\{AA\}_k,...,\{CC\}_k\} fkNPSE?={ { AT}0?,{ AA}0?,...,{ AA}k?,...,{ CC}k?}
变量说明:

kkk:表示窗口大小

{AA}k\{AA\}_k{ AA}k?:表示k间隔核苷酸对

特征维度:16×(k+1)16\times(k+1)16×(k+1) (表示从无间隔到k间隔拼接)

**k间隔核苷酸对:**在序列“AXXXTXC”中,“AT”是一个三间隔的核苷酸对,“TC”是一个间隔的核苷酸对。

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