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5亿整数的大文件,如何排

热度:44   发布时间:2016-04-22 20:00:11.0
5亿整数的大文件,怎么排?

问题

给你1个文件bigdata,大小4663M,5亿个数,文件中的数据随机,如下一行一个整数:

61963023557681612158020393452095006174677379343122016371712330287901712966901...7005375

现在要对这个文件进行排序,怎么搞?


内部排序

先尝试内排,选2种排序方式:


3路快排:

private final int cutoff = 8;public <T> void perform(Comparable<T>[] a) {		perform(a,0,a.length - 1);	}	private <T> int median3(Comparable<T>[] a,int x,int y,int z) {		if(lessThan(a[x],a[y])) {			if(lessThan(a[y],a[z])) {				return y;			}			else if(lessThan(a[x],a[z])) {				return z;			}else {				return x;			}		}else {			if(lessThan(a[z],a[y])){				return y;			}else if(lessThan(a[z],a[x])) {				return z;			}else {				return x;			}		}	}	private <T> void perform(Comparable<T>[] a,int low,int high) {		int n = high - low + 1;		//当序列非常小,用插入排序		if(n <= cutoff) {			InsertionSort insertionSort = SortFactory.createInsertionSort();			insertionSort.perform(a,low,high);			//当序列中小时,使用median3		}else if(n <= 100) {			int m = median3(a,low,low + (n >>> 1),high);			exchange(a,m,low);			//当序列比较大时,使用ninther		}else {			int gap = n >>> 3;			int m = low + (n >>> 1);			int m1 = median3(a,low,low + gap,low + (gap << 1));			int m2 = median3(a,m - gap,m,m + gap);			int m3 = median3(a,high - (gap << 1),high - gap,high);			int ninther = median3(a,m1,m2,m3);			exchange(a,ninther,low);		}		if(high <= low)			return;		//lessThan		int lt = low;		//greaterThan		int gt = high;		//中心点		Comparable<T> pivot =  a[low];		int i = low + 1;		/*		* 不变式:		*	a[low..lt-1] 小于pivot -> 前部(first)		*	a[lt..i-1] 等于 pivot -> 中部(middle)		*	a[gt+1..n-1] 大于 pivot -> 后部(final)		*		*	a[i..gt] 待考察区域		*/		while (i <= gt) {			if(lessThan(a[i],pivot)) {				//i-> ,lt ->				exchange(a,lt++,i++);			}else if(lessThan(pivot,a[i])) {				exchange(a,i,gt--);			}else{				i++;			}		}		// a[low..lt-1] < v = a[lt..gt] < a[gt+1..high].		perform(a,low,lt - 1);		perform(a,gt + 1,high);	}

归并排序:

	/**	 * 小于等于这个值的时候,交给插入排序	 */	private final int cutoff = 8;	/**	 * 对给定的元素序列进行排序	 *	 * @param a 给定元素序列	 */	@Override	public <T> void perform(Comparable<T>[] a) {		Comparable<T>[] b = a.clone();		perform(b, a, 0, a.length - 1);	}	private <T> void perform(Comparable<T>[] src,Comparable<T>[] dest,int low,int high) {		if(low >= high)			return;					//小于等于cutoff的时候,交给插入排序		if(high - low <= cutoff) {			SortFactory.createInsertionSort().perform(dest,low,high);			return;		}		int mid = low + ((high - low) >>> 1);		perform(dest,src,low,mid);		perform(dest,src,mid + 1,high);		//考虑局部有序 src[mid] <= src[mid+1]		if(lessThanOrEqual(src[mid],src[mid+1])) {			System.arraycopy(src,low,dest,low,high - low + 1);		}		//src[low .. mid] + src[mid+1 .. high] -> dest[low .. high]		merge(src,dest,low,mid,high);	}		private <T> void merge(Comparable<T>[] src,Comparable<T>[] dest,int low,int mid,int high) {		for(int i = low,v = low,w = mid + 1; i <= high; i++) {			if(w > high || v <= mid && lessThanOrEqual(src[v],src[w])) {				dest[i] = src[v++];			}else {				dest[i] = src[w++];			}		}	}

数据太多,递归太深 ->栈溢出?加大Xss?
数据太多,数组太长 -> OOM?加大Xmx?

耐心不足,没跑出来.而且要将这么大的文件读入内存,在堆中维护这么大个数据量,还有内排中不断的拷贝,对栈和堆都是很大的压力,不具备通用性。


sort命令来跑

sort -n bigdata -o bigdata.sorted

跑了多久呢?24分钟.

为什么这么慢?

粗略的看下我们的资源:

  1. 内存
    jvm-heap/stack,native-heap/stack,page-cache,block-buffer
  2. 外存
    swap + 磁盘

数据量很大,函数调用很多,系统调用很多,内核/用户缓冲区拷贝很多,脏页回写很多,io-wait很高,io很繁忙,堆栈数据不断交换至swap,线程切换很多,每个环节的锁也很多.

总之,内存吃紧,问磁盘要空间,脏数据持久化过多导致cache频繁失效,引发大量回写,回写线程高,导致cpu大量时间用于上下文切换,一切,都很糟糕,所以24分钟不细看了,无法忍受.


位图法

	private BitSet bits;    public void perform(            String largeFileName,            int total,            String destLargeFileName,            Castor<Integer> castor,            int readerBufferSize,            int writerBufferSize,            boolean asc) throws IOException {        System.out.println("BitmapSort Started.");        long start = System.currentTimeMillis();        bits = new BitSet(total);        InputPart<Integer> largeIn = PartFactory.createCharBufferedInputPart(largeFileName, readerBufferSize);        OutputPart<Integer> largeOut = PartFactory.createCharBufferedOutputPart(destLargeFileName, writerBufferSize);        largeOut.delete();        Integer data;        int off = 0;        try {            while (true) {                data = largeIn.read();                if (data == null)                    break;                int v = data;                set(v);                off++;            }            largeIn.close();            int size = bits.size();            System.out.println(String.format("lines : %d ,bits : %d", off, size));            if(asc) {                for (int i = 0; i < size; i++) {                    if (get(i)) {                        largeOut.write(i);                    }                }            }else {                for (int i = size - 1; i >= 0; i--) {                    if (get(i)) {                        largeOut.write(i);                    }                }            }            largeOut.close();            long stop = System.currentTimeMillis();            long elapsed = stop - start;            System.out.println(String.format("BitmapSort Completed.elapsed : %dms",elapsed));        }finally {            largeIn.close();            largeOut.close();        }    }    private void set(int i) {        bits.set(i);    }    private boolean get(int v) {        return bits.get(v);    }

nice!跑了190秒,3分来钟.
以核心内存4663M/32大小的空间跑出这么个结果,而且大量时间在用于I/O,不错.

问题是,如果这个时候突然内存条坏了1、2根,或者只有极少的内存空间怎么搞?


外部排序

该外部排序上场了.
外部排序干嘛的?

  1. 内存极少的情况下,利用分治策略,利用外存保存中间结果,再用多路归并来排序;
  1. map-reduce的嫡系.

这里写图片描述
这里写图片描述

1.分

内存中维护一个极小的核心缓冲区memBuffer,将大文件bigdata按行读入,搜集到memBuffer满或者大文件读完时,对memBuffer中的数据调用内排进行排序,排序后将有序结果写入磁盘文件bigdata.xxx.part.sorted.
循环利用memBuffer直到大文件处理完毕,得到n个有序的磁盘文件:

这里写图片描述

2.合

现在有了n个有序的小文件,怎么合并成1个有序的大文件?
把所有小文件读入内存,然后内排?
(⊙o⊙)…
no!

利用如下原理进行归并排序:
这里写图片描述
我们举个简单的例子:

文件1:3,6,9
文件2:2,4,8
文件3:1,5,7

第一回合:
文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行
文件2的最小值:2,排在文件2的第1行
文件3的最小值:1,排在文件3的第1行
那么,这3个文件中的最小值是:min(1,2,3) = 1
也就是说,最终大文件的当前最小值,是文件1、2、3的当前最小值的最小值,绕么?
上面拿出了最小值1,写入大文件.

第二回合:
文件1的最小值:3 , 排在文件1的第1行
文件2的最小值:2,排在文件2的第1行
文件3的最小值:5,排在文件3的第2行
那么,这3个文件中的最小值是:min(5,2,3) = 2
将2写入大文件.

也就是说,最小值属于哪个文件,那么就从哪个文件当中取下一行数据.(因为小文件内部有序,下一行数据代表了它当前的最小值)

最终的时间,跑了771秒,13分钟左右.

less bigdata.sorted.text...9999966999996799999689999969999997099999719999972999997399999749999975999997699999779999978...
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