在本机(windows)环境下代码调试没有问题，在编译好的class文件中不好debug断点调试，在liunx下部署的更是不好调试了，解决的办法是可以用远程调试。在MyEclipse的debug里有remote java application?这个工具，可以使用它来设置远程调试。
第1步：???修改jetty.sh 文件
修改Tomcat安装目录下的/jetty/bin /jetty.sh?文件；在这个文件中加入如下内容：（我是加在文件的第一行）
JAVA_OPTIONS="-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=10000,server=y,suspend=n"
（这里address=10000，表示要远程调试连接的端口号），修改后保存此文件。
第2步：???关掉防火墙（可能需要）
liunx下用如下命令关闭防火墙：
/etc/rc.d/init.d/iptables stop??
第3步：???部署项目程序：
将Windows?系统下的?E:\jetty\webapps?目录下要调试的项目程序，部署到Linux系统?/jetty/webapps?目录下。（必须保证Linux下的程序与MyEclipse中的程序一致）
第4步：???重新启动jetty服务
停止jetty服务，使用如下命令：
#?jetty.sh stop
启动jetty服务，使用如下命令：
#jetty.sh start
第5步：???新建remote java application
然后打开MyEclipse，新建一个remote java application?，在打开的MyEclipse里的工具栏里有个小虫子debug的图标，点击旁边的下三角符号，选择open debug dialog,打开debug配置对话框，在最后一项有个remote java application?，选中后右击new一个项目
?
第6步：???配置remote java application
在name里填个名字，然后在下面的connect的project里选中MyEclipse里的项目（即部署在Linux系统下的项目，注意要和远程的项目对应）。connection type就用默认的，connection properties的Host里填上远程机器的ip地址（即Linux系统的IP地址）， 第二项Port里填端口：10000，（Port端口和catalina.sh?文件中的address值一样，同时要保证这个端口没被其他服务使用）。配置完成后直接点击“Debug”按钮，开启调试线程，在MyEclipse的debug窗口中会看到有一个调试的线程启动，说明配置成功。
第7步：???设置断点：
在MyEclipse中打开要调试的文件，在需要的地方打上断点，访问远程机器的程序，当程序运行到断点处时会停住，即可进行远程调试。
（注：在调试过程中可以对本地程序进行修改，以达到想要的效果。但所修改的文件并不会影响到远程机器上文件，所以修改过的文件必须更新到远程机器上。）