1、 在Eclipse中的工程编译运行后，在目录bin下面有生成一些文件，其中classes.dex是未经过混淆生成的。而我们要混淆的话，就要重新生成一个混淆过的classes.dex。本文主要讲怎样手动生成混淆proguard。
2、 生成一个混淆过的classes.dex：要先对目录bin下面的classes目录（在Eclipse中看不到，系统文件管理中可查看）的class文件打包成jar, 再对jar进行proguard混淆，混淆后再用android dx 命令生成混淆的classes.dex。
3、 class文件打包成jar：控制台CMD进入classes目录，调用jar cvfM classes.jar android cn com，其中classes.jar是你要生成的jar包名称，android cn com 是指classes下面的目录
4、 对jar进行proguard混淆，首先确定你的工程已经有混淆文件proguard.cfg。在android sdk目录下找到：C:\android-sdk-windows\tools\proguard\bin\proguardgui.bat。
在InputOutput选项中，选择你的Add input…文件，上面打好的classes.jar，Add output命名你的输出混淆jar包(classes_out.jar)，在Library jars,wars,ears,zips and directories一栏中Add进你选择编译的android sdk版本源包(C:\android-sdk-windows\platforms\android-7\android.jar)，再添加你的工程中libs引用的第三方jar。
点击“process”，再点击“save configuration”，在弹出的对话框中，输入要保存的配置文件名称(这里我的是test.pro)，最后点击“保存”。
用编辑器编辑刚才保存下来的“test.pro”，用记事本什么都可以。要里面有关的proguard信息替换成你工程中定好的proguard.cfg内容，保存。
重新打开progrard，执行 bin目录下的proguardgui.bat。
点击第一个选项“Proguard”，再点击“Load configuration”，选择我们刚才保存的“test.pro”进行加载。
开始混代码，点击右边“process”，再点击“process!”
在等待处理完成后，输出的“classes_out.jar”，就是混过的jar包。
以上有关使用proguardgui.bat的参照自：http://java-server.iteye.com/blog/1166114
5、 对已经混淆的classes_out.jar包，放进工程的bin目录下，生成classes.dex。
//android sdk目录下的platform-tools\dx.bat
其实也可以直接用我之前发布的打包工具中的createUnsignedApk这个方法。
参看：http://blog.csdn.net/hytfly/article/details/24458133
这样生成classes.dex然后在签名打包的，就是混淆以后的代码了。
6.为了方便，其实可以自己也写到那个打包工具中去打包。自己生成classes.jar和out.jar，然后再自动打包。分享两个方法：
/** * 在bin下生成纯净的classes.jar文件 */ public static void createJar(){ try{ System.out.println("create jar start"); Process process = null; String cmd; //相当于先cd到 -C的目录下，然后执行没有C的这部分语句，注意.代表当前目录 cmd = "cmd.exe /C jar cvf "+PROJECT_PATH+"bin\\classes.jar " +"-C "+PROJECT_PATH+"bin\\classes ."; System.out.println(cmd); process = Runtime .getRuntime() .exec(cmd); // 生成jar文件 new MyThread(process.getErrorStream()).start(); new MyThread(process.getInputStream()).start(); process.waitFor(); process.destroy(); System.out.println("create jar over"); // 一条渠道的打包完成。文件会输出到指定目录 }catch(Exception e){ e.printStackTrace(); System.exit(0); } } /** * 在bin下生成混淆后的classes_out.jar文件（在PROGUARD_PATH配置文件中写） * 运行proguard程序如果报错，请在cmd查看错误，可能是路径问题，自己修改proguard.bat文件 */ public static void createProguardJar(){ try{ System.out.println("create ProguardJar start"); File file=new File(PROGUARD_PATH); if(!file.exists()) System.out.println("not found "+PROGUARD_PATH); file=new File(PROJECT_PATH+"bin\\classes_out.jar "); if(file.exists()) file.delete(); Process process = null; String jarsigner; jarsigner = androidSDK_PATH+"tools\\proguard\\bin\\proguard.bat " + "-include "+PROGUARD_PATH; System.out.println(jarsigner); process = Runtime .getRuntime() .exec(jarsigner); // 生成混淆后的jar文件 new MyThread(process.getErrorStream()).start(); new MyThread(process.getInputStream()).start(); process.waitFor(); process.destroy(); System.out.println("create ProguardJar over"); }catch(Exception e){ e.printStackTrace(); System.exit(0); } }再分享一下proguard.pro配置文件的一些方法：http://blog.csdn.net/yunyu5120/article/details/13024359 这个老兄写的ok了。