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1.java Web 调用Matlab程序
问题背景：
??? 最近在做一个生物信息学的GPCR（g蛋白偶联受体）预测网站，在构建数学模型及求解过程中使用的编程工具是Matlab，之所以用Matalb主要是考虑到其强大的矩阵计算能力和简单易学的编程语言。但是，在网站建设中我使用的开发语言是JSP，使用Tomcat做WEB服务器。为了直接使用前期在Matlab上建模所用的程序，以免把这些程序翻译成Java程序而带来的麻烦，决定在Tomcat中直接调用Matlab程序。
解决方案：
?? 1. 首先，要用matlab中的工具matlab build for java，把你的matlab文件（包括.m文件，.mat文件等等）打包成一个jar文件并同时得到一个ctf文件（为下文叙述方便，假设为myproj.jar和myproj.ctf）。这个具体过程可以参见matlab的帮助文档，在那有具体的例子，照着样子做一遍就会了，本文就不详述了。
?? 2. 把myproj.jar和myproj.ctf置于一目录下，如：D:\dist\myproj.jar和D:\dist\myproj.ctf。具体的配置过程同样见matlab帮助文档。但在matlab帮助文档中是配置一个java application程序，如果照此配置web程序就会出现找不到类或找不到ctf文件的错误。相信大家只要是找matlab帮助文档实际操练一下都能正确地在java application程序中调用matlab生成的jar和ctf文件，可是要想在web程序调用jar和ctf文件则会遇到问题。因为，如果把myproj.jar和myproj.ctf放到tomcat的lib文件夹或webapp的lib文件夹下，由于tomcat是以相对路径来寻找这些目录下的jar文件的，可根据matlab帮助文档提示的ctf文件不能放到相对路径下，要置于绝对路径下。这就是程序会产生问题的根源。
??? 3.找到问题的结症所在，解决的办法也就有了。经我的实验，有以下2种方法可以使用。
??????? A. 把jar文件的路径设置到CLASSPATH中。如set classpath=%classpath%;D:\dist\myproj.jar
??????? B. 修改%TOMCAT_HOME%\bin目录中的setclasspath.bat文件，找到“set CLASSPATH=%JAVA_HOME%\lib\tools.jar”，修改为：set CLASSPATH=%JAVA_HOME%\lib\tools.jar;D:\dist\myproj.jar
以上2种方法总有一种是可行的，一般B成功的可能性大些。我曾经使用A方法在2台电脑上实验，结果有一台电脑找到ctf文件，而另一台电脑上则可以正确运行，后来使用B方法问题方得到解决。
2.java应用程序调用 （详见附件）