此更改是根据FCkeditor2.6.6版本测试的：
1.覆盖原重名文件设置
在原文件net.fckeditor.connector.impl.AbstractLocalFileSystemConnector中fileUpload方法中
删除掉 File fileToSave = UtilsFile.getUniqueFile(newFile.getAbsoluteFile());即可
同时把下面相应的fileToSave变量名更改成它上面的newFile名
最好再把net.fckeditor.connector.Dispatcher类中doPost方法里面的下面代码注释掉，否则还弹出已经改名的提示框，只留下红字一行就ok了
if (sanitizedFileName.equals(newFileName))
uploadResponse = UploadResponse.getOK(fileUrl);
else {
uploadResponse = UploadResponse.getFileRenamedWarning(fileUrl, newFileName);
logger.debug("Parameter NewFile (renamed): {}", newFileName);
}
2.如果要上传的文件名有一个或者多个空格，都给替换成一个“_”
还是在这个文件中这个方法里，在上面删除代码的上面
更改为下面代码即可
String name = fileName.trim();
name = name.replaceAll("\\s+", "_");
File newFile = new File(currentDir, name);
3.更改上传文件路径
跟以往版本不同在这个版本里用的是
connector.userFilesAbsolutePath这个名，所以在src目录下的
fckeditor.properties里面直接配置下面代码即可
connector.userActionImpl=net.fckeditor.requestcycle.impl.UserActionImpl
connector.userFilesPath=/UploadFile //这个在此版本里没用，以往版本是这个
connector.userFilesAbsolutePath=/UploadFile
对于上面的更改，我直接更改的其源码，如有更好的方法，还请大家请教
其他配置：
如果想修改默认上传文件夹配置可以根据不同的文件类型重新配置，例如如下：默认是下面的
# default resource type paths
connector.resourceType.file.path = /file
connector.resourceType.image.path = /image
connector.resourceType.flash.path = /flash
connector.resourceType.media.path = /media
可以修改为
# default resource type paths
connector.resourceType.file.path = /
connector.resourceType.image.path = /
connector.resourceType.flash.path = /
connector.resourceType.media.path = /
选择默认上传时就会默认进入，预先配置connector.userFilesAbsolutePath的根目录下
其他参考文献
http://www.jskong.cn/post/29.html FCKeditor2.6 for JSP 配置方法
http://www.iteye.com/topic/362250 apache2.2服务器+fckeditor2.6(java版)的应用
http://sourceforge.net/projects/fckeditor/files/ 官方文件下载