"IsADirectoryError: [Errno 21] Is a directory: " It is a file

问题描述

我已经将数据分成测试集和训练集到不同的文件夹中。 现在我需要加载患者数据。 每个患者有 8 个图像。

def load_dataset(root_dir, split):
"""
load the data set numpy arrays saved by the preprocessing script
:param root_dir: path to input data
:param split: defines whether to load the training or test set
:return: data: dictionary containing one dictionary ({'data', 'seg', 'pid'}) per patient
"""
in_dir = os.path.join(root_dir, split)
data_paths = [os.path.join(in_dir, f) for f in os.listdir(in_dir)]
data_and_seg_arr = [np.load(ii, mmap_mode='r') for ii in data_paths]
pids = [ii.split('/')[-1].split('.')[0] for ii in data_paths]
data = OrderedDict()
for ix, pid in enumerate(pids):
    data[pid] = {'data': data_and_seg_arr[ix][..., 0], 'seg': data_and_seg_arr[ix][..., 1], 'pid': pid}
return data

但是，错误说：

File "/home/zhe/Research/Seg/heart_seg/data_loader.py", line 61, in load_dataset
data_and_seg_arr = [np.load(ii, mmap_mode='r') for ii in data_paths]
File "/home/zhe/Research/Seg/heart_seg/data_loader.py", line 61, in <listcomp>
data_and_seg_arr = [np.load(ii, mmap_mode='r') for ii in data_paths]
File "/home/zhe/anaconda3/envs/tf_env/lib/python3.6/site-packages/numpy/lib/npyio.py", line 372, in load
fid = open(file, "rb")
IsADirectoryError: [Errno 21] Is a directory: './data/preprocessed_data/train/Patient009969'

它已经是一个文件名，而不是一个目录。 谢谢！

你的路径中有文件和目录吗？ os.listdir将列出文件和目录，因此当您尝试使用np.load打开目录时，它会给出该错误。 您可以仅过滤文件以避免错误：

data_paths = [os.path.join(in_dir, f) for f in os.listdir(in_dir)]
data_paths = [i for i in data_paths if os.path.isfile(i)]

或者全部在一行中：

data_paths = [i for i in (os.path.join(in_dir, f) for f in os.listdir(in_dir)) if os.path.isfile(i)]

我遇到了同样的问题，但我通过将路径从Data/Train_Data/myDataset/(my images)更改为Data/Train_Data/(my images) ，其中脚本 python 与 Data 位于同一路径中。 希望这有帮助。