这两个连接池都是Hibernate建议使用的连接池
DBCP是一个依赖Jakarta commons-pool对象池机制的数据库连接池，Tomcat的数据源使用的就是DBCP。
C3P0是一个开放源代码的JDBC连接池，它在lib目录中与Hibernate一起发布,包括了实现jdbc3和jdbc2扩展规范说明的Connection 和Statement 池的DataSources 对象。
JNDI(Java Naming and Directory Interface)是SUN公司提供的一种标准的Java命名系统接口，JNDI提供统一的客户端API，通过不同的访问提供者接口JNDI SPI的实现，由管理者将JNDI API映射为特定的命名服务和目录系统，使得Java应用程序可以和这些命名服务和目录服务之间进行交互。
JNDI与JDBC：
JNDI提供了一种统一的方式，可以用在网络上查找和访问服务。通过指定一个资源名称，该名称对应于数据库或命名服务中的一个纪录，同时返回数据库连接建立所必须的信息。
参考资料：
http://java.sun.com/products/jndi/examples.html
http://java.sun.com/products/jndi/serviceproviders.html
常用的JNDI操作：
void bind(String sName,Object object);――绑定：把名称同对象关联的过程
void rebind(String sName,Object object);――重新绑定：用来把对象同一个已经存在的名称重新绑定
void unbind(String sName);――释放：用来把对象从目录中释放出来
void lookup(String sName,Object object);――查找：返回目录总的一个对象
void rename(String sOldName,String sNewName);――重命名：用来修改对象名称绑定的名称
NamingEnumeration listBinding(String sName);――清单：返回绑定在特定上下文中对象的清单列表
NamingEnumeration list(String sName);
代码示例：重新得到了名称、类名和绑定对象。
NamingEnumeration namEnumList = ctxt.listBinding("cntxtName");
...
while ( namEnumList.hasMore() ) {
Binding bnd = (Binding) namEnumList.next();
String sObjName = bnd.getName();
String sClassName = bnd.getClassName();
SomeObject objLocal = (SomeObject) bnd.getObject();
}
JNDI 只是一种资源管理方式，C3P0是数据源连接池的配置方式
这两个不能直接用来比较吧，使用JNDI管理数据库连接池，连接池可以使用C3P0，也可是使用DBCP等方式JNDI从抽象层面上来看要在C3P0上层，也就是说JNDI提供的服务是有可能由C3P0和其他包来实现的。
数据库连接池的好处
连接复用。通过建立一个数据库连接池以及一套连接使用管理策略，使得一个数据库连接可以得到高效、安全的复用，避免了数据库连接频繁建立、关闭的开销。
对于共享资源，有一个很著名的设计模式：资源池。该模式正是为了解决资源频繁分配、释放所造成的问题的。把该模式应用到数据库连接管理领域，就是建立一个数据库连接池，提供一套高效的连接分配、使用策略，最终目标是实现连接的高效、安全的复用。
数据库连接池的基本原理是在内部对象池中维护一定数量的数据库连接，并对外暴露数据库连接获取和返回方法。如：
外部使用者可通过getConnection 方法获取连接，使用完毕后再通过releaseConnection 方法将连接返回，注意此时连接并没有关闭，而是由连接池管理器回收，并为下一次使用做好准备。
数据库连接池技术带来的优势：
1． 资源重用
由于数据库连接得到重用，避免了频繁创建、释放连接引起的大量性能开销。在减少系统消耗的基础上，另一方面也增进了系统运行环境的平稳性（减少内存碎片以及数据库临时进程/线程的数量）。
2． 更快的系统响应速度
数据库连接池在初始化过程中，往往已经创建了若干数据库连接置于池中备用。此时连接的初始化工作均已完成。对于业务请求处理而言，直接利用现有可用连接，避免了数据库连接初始化和释放过程的时间开销，从而缩减了系统整体响应时间。
3． 新的资源分配手段
对于多应用共享同一数据库的系统而言，可在应用层通过数据库连接的配置，实现数据库连接池技术，几年钱也许还是个新鲜话题，对于目前的业务系统而言，如果设计中还没有考虑到连接池的应用，那么…….快在设计文档中加上这部分的内容吧。某一应用最大可用数据库连接数的限制，避免某一应用独占所有数据库资源。
4． 统一的连接管理，避免数据库连接泄漏
在较为完备的数据库连接池实现中，可根据预先的连接占用超时设定，强制收回被占用连接。从而避免了常规数据库连接操作中可能出现的资源泄漏。一个最小化的数据库连接池实现：
连接池技术能显著增加Java应用程序的性能，同时还能降低资源使用率。连接池技术的主要优点包括：
· 缩短了连接创建时间
与其他数据库相比，MySQL提供了快速的连接设置功能，连接时间通常不是问题，但创建新的JDBC连接仍会导致联网操作和一定的IDBC驱动开销，如果这类连接是“循环”使用的，使用该方式，可避免这类不利因素。
· 简化的编程模型
使用连接池技术时，每个单独线程能够像创建了自己的JDBC连接那样进行操作，从而允许使用直接的JDBC编程技术。
· 受控的资源使用
如果不使用连接池技术，而是在每次需要时为线程创建新的连接，那么应用程序的资源使用将十分浪费，而且在负载较重的情况下会导致无法预期的结果。
注意，与MySQL的每个连接均会在客户端和服务器端造成一定的开销（每寸、CPU、关联转换等）。每个连接均会对应用程序和MySQL服务器的可用资源带来一定的限制。无论连接是否执行任何有用的任务，仍将使用这些资源中的相当一部分。
连接池能够使性能最大化，同时还能将资源利用控制在一定的水平之下，如果超过该水平，应用程序将崩溃而不仅仅是变慢。
在中间件中通过JNDI Datasource，可以方便的通过名字获取数据库连接，另外，一般中间件对数据库连接都会做warpper，方便了对数据库连接池资源的管理，比方说连接泄漏的管理等等。实际上，开发人员只需要知道JNDI名字，通过JNDI lookup，就方便的可以使用数据库连接了。而中间件管理人员则负责数据库连接池的管理。
是的，但tomcat有其恶心的一面
tomcat的jndi有一个缺点：会强制给你的jndi name加上 java:/com/env前缀
而其它app server不会这么干
所以如果你本地用tomcat，生产用jboss/weblogic，那你的生产环境的jboss/weblogic就必须用java:com/env风格的jndi才能实现无缝切换