我用的GMS版本是1.0.10(32-bit)，不同版本可能操作不太一样，自己摸索吧
第一步：导入.shp文件（流域边界），并用Map/ Create Arc （弧线）工具描出边界：
右键点击左栏中的Boundary，选择Duplicate（复制），对得到的Copy of boundary 中的弧线边界，右键之后选择Build Polygons，将弧线变成面
第二步：生成三维立方体网格
点击左侧Map data, 然后在菜单栏中找到Feature Objects/ New Grid Frame,就会生成一个紫框框，但会发现这个字框框没有完全框住想要的区域：
右键点击左侧Grid Frame，选择Fit to active coverage，就OK了
左键选中紫框框，右键，选择Map to/ 3D Grids，修改Number cells 可以得到任意行列层数的三维立方体网格：
第三步：根据边界线修改三维网格
首先有几个小细节要修改（此前没改是为了让大家注意到这些细节）
1.右键点击Map Data，选择New conceptual model，会生成一个New model， 然后将Boundary 以及 Copy of boundary拉到New model 下
2.右键点击Copy of boundary，选择Coverage Setup，将Default layer range 从’1 to 1’改为’1 to 3’，并且勾选refinement！
点一下Copy of boundary，然后在菜单栏中选择 Feature Objects/ Activate Cells in Coverages，就裁剪完成了
大功告成！！