getopt(),是getopt包的函数，需要先按照getopt包
getopt(spec = NULL, opt = commandArgs(TRUE),command = get_Rscript_filename(), usage = FALSE,debug = FALSE)
spec：一个4或5列的矩阵，里面包括了参数信息，前四列是必须的，第五列可选。
第一列：参数的longname，多个字符。
第二列：参数的shortname，一个字符。
第三列：参数是必须的，还是可选的，数字：0代表不接参数 ；1代表必须有参数；2代表参数可选。
第四列：参数的类型。logical；integer；double；complex；character；numeric
第五列：注释信息，可选。
usage：默认为FALSE,这时参数无实际意义，而是以用法的形式输出。
#!/usr/bin/Rscript
# _*_ coding: utf-8 _*_
library('getopt')command=matrix(c( 'help', 'h', 0,'loical', '帮助文档','pdfinput', 'i', 2, 'character', '判断值的结果','noloutput', 'o', 1, 'character', '标准化的判断值的结果'),byrow=T,ncol=5)
args=getopt(command)if (!is.null(args$help) || is.null(args$pdfinput) || is.null(args$noloutput) ) {cat(paste(getopt(command, usage = T), "\n"))q(status=1)
}## 设置默认值
#if ( is.null(args$pdfinput) ) {
# args$pdfinput = 0
# }print(args$pdfinput)$ Rscript t.R -h
Usage: t.R [-[-help|h]] [-[-pdfinput|i] <character>] [-[-noloutput|o] <character>]-h|--help 帮助文档-i|--pdfinput 判断值的结果-o|--noloutput 标准化的判断值的结果
参考：https://www.cnblogs.com/timeisbiggestboss/p/7811009.html