原来@Modifying需要和@Transactional配合使用才能正常使用。如下面代码所示：
/*** 根据客户退货单id删除所有客户退货单商品* @param customerReturnListId* @return*/@Query(value="delete FROM t_customer_return_list_goods WHERE customer_return_list_id=?1",nativeQuery=true)@Modifying@Transactionalpublic void deleteByCustomerReturnListId(Integer customerReturnListId);
为什么@Modifying和@Transactional配合才能使用？首先需要了解@Modifying和@Transactional的作用，@Modifying的主要作用是声明执行的SQL语句是更新（增删改）操作，@Transactional的主要作用是提供事务支持（提供例如隔离性等事务特性，JPA默认会依赖JDBC默认隔离级别）。
查阅SpringDataJPA文档可以看到下面一段话：
By default, CRUD methods on repository instances are transactional. For read operations, the transaction configuration readOnly flag is set to true. All others are configured with a plain @Transactional so that default transaction configuration applies. For details, see JavaDoc of SimpleJpaRepository.
这段话的大致意思是默认情况下JPA的每个操作都是事务的，在默认情况下，JPA的事务会设置为只读，具体可以参考SimpleJpaRepository。
这样@Modifying和@Transactional为什么配合才能使用的原因就很明显了，
实质上@Modifying只是声明了这个操作是一个修改操作，但却没有修改这个方法的事务等级，因此这个方法依然不能进行修改操作。只有声明了@Transactional，本质上是声明了@Transactional(readOnly=false)，这样覆盖了默认的@Transactional配置便可以执行修改操作了。