MySQL 有多种存储引擎，每种存储引擎有各自的优缺点，可以择优选择使用：MyISAM、InnoDB、MERGE、MEMORY (HEAP)、BDB (BerkeleyDB)、EXAMPLE、FEDERATED、ARCHIVE、CSV、BLACKHOLE。
虽然 MySQL 里的存储引擎不只是 MyISAM 与 InnoDB 这两个，但常用的就是两个。
关于 MySQL 数据库提供的两种存储引擎，MyISAM 与 InnoDB 选择使用：
1.INNODB 会支持一些关系数据库的高级功能，如事务功能和行级锁，MyISAM 不支持。
2.MyISAM 的性能更优，占用的存储空间少，所以，选择何种存储引擎，视具体应用而定。
如果你的应用程序一定要使用事务，毫无疑问你要选择 INNODB 引擎。但要注意，INNODB 的行级锁是有条件的。在 where 条件没有使用主键时，照样会锁全表。比如 DELETE FROM mytable 这样的删除语句。
如果你的应用程序对查询性能要求较高，就要使用 MyISAM 了。MyISAM 索引和数据是分开的，而且其索引是压缩的，可以更好地利用内存。所以它的查询性能明显优于 INNODB。压缩后的索引也能节约一些磁盘空间。MyISAM 拥有全文索引的功能，这可以极大地优化 LIKE 查询的效率。
有人说 MyISAM 只能用于小型应用，其实这只是一种偏见。如果数据量比较大，这是需要通过升级架构来解决，比如分表分库，而不是单纯地依赖存储引擎。
现在一般都是选用 innodb 了，主要是 MyISAM 的全表锁，读写串行问题，并发效率锁表，效率低，MyISAM 对于读写密集型应用一般是不会去选用的。