各自有自己独立的数据库，登录时选择部门，
现在设想不同部门使用自己的配置文件。
但不知道怎么实现。
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为什么要使用不同的配置文件？？
不同的部门使用不同的数据库，那么在hibernate中连接不同的数据库就是了。为什么要使用不同的spring配置文件呢？
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配不同的数据库bean各用各的
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根据部门不一样去配置不一样的数据库连接，以及不一样的DAO,SERVICE这些bean就可以了啊
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這樣的話，lz就需要配置 多個dataSource，多個sessionFactory（如果用hibernate的話），多個dao，service等等。
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我觉得楼主应该用集群方式。
每个部门都各自一个工程，连接各自数据库，然后用apache配置集群。
用户登陆时，根据选择的部门，把部门标识在url加个特定目录。
然后apache根据这个参数访问各自的工程。
因为集群有按路径转发功能。
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我觉得你可以根据用户选择的部门值，去后台找你想要的dataSource，在后台配置多个数据源，最好一个部门一个吧。
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6楼！、、支持个。