有没有一个编译器能直接把汇编源码编译成二进制的程序，可以让cpu直接运行而不是编译成pe或是elf格式。其实就是把汇编源码翻译成对应的01机器码，这样的编译自己可以实现么，应为汇编不用什么语法，语义的解析直接把源码翻译成机器码就可以了，这样实现难么？不知道有没有这方面的开源项目可以参考。
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你的意思是不用操作系统？再怎么简陋的可执行程序也得有一定的规范，在一定的系统下运行吧！自己的想法，具体我也不知道！
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直接编译成二进制文件？JWASM（兼容MASM）、NASM、YASM（以NASM为基础开发的）等等开源的汇编编译器都可以
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这个，最简单的是找下 debug 程序的源代码吧，它有基本的汇编功能，必然有相应的实现代码。
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信息=数据+上下文
你光有数据了，没有上下文，一样不能把想要的信息表达出来，所谓的PE和ELF就是一种上下文，就算你自己定义01数据，也要有上下文呀，只是不同于PE和ELF罢了。
综上所述，楼主所说的是个伪命题！
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汇编语言有这个功能
1）你编译成.com 不调用Dos 任何系统调用。
然后把你的程序写道磁盘引导区。
直接从磁盘启动就可以执行你的程序了。
代码需要绝对定位，具体内存地址不太记得了。
2）BIOS等代码，不需要操作系统支持就可以运行了，MASM，TASM都可以汇编成这种代码，你直接烧写在BIOS芯片上运行，开机启动代码就是这么执行的。
3）早期的 BASIC 系统，不需要操作系统支持，只是一个中断就可以跳入BASIC系统。
具体玩法，估计没有多少人知道。
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.o文件就是没有处理过的二进制代码吧？
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这个，你还是看他们源代码吧
http://www.japheth.de/JWasm.html，这是JWASM官网，最下面有JWASM的源码下载，这个是C写的，相对NASM要容易一些
http://www.nasm.us/pub/nasm/releasebuilds/，这里可以下载NASM的源码，这个也是C写的
http://flatassembler.net/index.php这是FASM的官网，听说FASM是自编译的……所以源码应该是汇编写的
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汇编语言 应该是可以在裸机下直接应用的，我刚看的书上写的，，
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裸机下直接应用的，是机器语言吧；汇编语言是机器语言符号化了的，甚至现在的汇编语言引入了不少的高级语言里的概念了。
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操作系统引导程序是比较好的裸机程序范例，很多汇编器都能写，比如nasm